Описание заказа
Есть набор изображений (z-stack, то есть серия снимков по глубине). Каждый файл - три канала:
DAPI (синий) - красит все ядра (ДНК).
BrdU (зелёный) - метка на клетки, которые синтезировали ДНК в определённый период.
EdU (дальний красный) - почти тоже самое что и BrdU
Требуется написать скрипт для FIJI (ImageJ), который сам обработает все файлы в папке и создаст:
1. Отчёт с цифрами и набор показательных картинок.
2. Индекс меченых ядер (%) — сколько ядер светятся только зелёным (BrdU+), только красным (EdU+), и обоими цветами (BrdU+EdU+).
3. Геометрические параметры клеток (площадь, периметр и т.п.) — вычислить среднее и стандартную ошибку (SE) для каждой популяции (например, для BrdU+ клеток отдельно, для EdU+ отдельно и т.д.).
4. Относительное содержание ДНК на клетку (суммарная яркость в канале DAPI) и построить гистограмму распределения клеток по содержанию ДНК.
5. Найти EdU+ и BrdU+ клетки — автоматически подобрать пороги яркости, чтобы отделить меченые от немеченых.
6. Создать красивые RGB-картинки: вырезать каждую тройную клетку (все три канала), сложить их в монтаж (сетку), добавить масштабный отрезок, сохранить как JPEG.
7. Измерить колокализацию зелёного и красного сигналов (как сильно они перекрываются в пространстве). Надо выбрать лучший метод: попиксельный (типа коэффициента Пирсона) или объектный (например, перекрытие сегментированных пятен). Важно: данные после разных обработок, и мы хотим понять, как лечение влияет на пространственное взаимодействие участков репликации ДНК.
Всего 40 z-стеков, по 453,8 Мб, в каждом z-стеке 21 слайд.
На выходе нужно получить рабочий для этой программы скрипт